Créé en 1964 en tant qu’ADER (Association pour le Développement de l’Enseignement et des Recherches), l’objectif du CEPHYTEN était alors de promouvoir la Recherche partenariale entre le milieu économique, les Universités et les Etablissements d’Enseignement supérieur, chacun représenté de façon équilibrée.
Le champ d’action du CEPHYTEN s’est élargi jusqu’au début des années 2000, avec notamment la gestion des contrats liés aux grands programmes de recherche nationaux et européens. La mise en place des Service d'Activités Industrielles et Commerciales (SAIC, http://www.u-psud.fr/fr/valorisation-innovation.html) à l’université, avec une mission très voisine, a par la suite réduit l’activité du CEPHYTEN.
En 2010, une convention a été signée avec l’Université Paris-Sud 11, autorisant le CEPHYTEN à poursuivre des activités de gestion de contrats sous supervision du SAIC puis de la DARI. Tout porte à croire que le CEPHYTEN trouvera également sa place dans le nouveau paysage de la valorisation de la recherche universitaire qui s’est mis en place en 2013 avec la création des Sociétés d'Accélération de Transfert de Technologie (SATT) et l'Université Paris-Saclay.